Marie-France SAGOT, Lauréate Bourses ERC 2009

Marie-France Sagot est une passionnée au parcours universitaire atypique. Au laboratoire de Biométrie et biologie évolutive (LBBE) de l'Université de Lyon 1, elle est responsable de l'équipe INRIA BAMBOO.  « C'est une équipe multidisciplinaire qui compte aussi bien des mathématiciens et des informaticiens que des biologistes théoriciens et expérimentalistes », explique-t-elle. Une diversité revendiquée et qui constitue le fil conducteur de la carrière de cette bio-informaticienne franco-brésilienne venue en France pour faire son DEA, à Paris 7, puis sa thèse à l'institut Gaspard Monge. Une thèse initiée très tard, à 38 ans, grâce à l'aide d'autres passionnés, dont son co-directeur de thèse, Alain Viari, alors à Paris.

Son attirance pour la biologie porte ses pas. Dix ans plus tard, Marie-France Sagot se rapproche de l'équipe de bio-informatique HELIX, bilocalisée à Grenoble et Lyon, dirigée par François Rechenmann. «  C'était un des endroits les plus actifs et en pointe pour la bio-informatique et j'avais la chance d'être dans un milieu de mathématiciens tout en restant proche des biologistes puisque l'équipe était implantée au laboratoire de biométrie et biologie évolutive. » Depuis, elle a développé de nombreuses collaborations en Europe et dans le monde, notamment en Amérique du Sud. Elle partage son temps entre la recherche, l'enseignement et les nombreux comités éditoriaux de journaux, comités scientifiques, d'évaluation ou de pilotage de conférence auxquels elle participe.

C'est au cours de ses nombreux échanges avec les biologistes que Marie-France Sagot est amenée à s'intéresser à la symbiose, un sujet relativement ignoré de ses collègues informaticiens et mathématiciens. Cette relation étroite et durable entre deux organismes est pourtant très répandue comme l'attestent les exemples du lichen (symbiose entre un champignon et une algue verte) ou de l'intestin humain (qui contient plus de 200 espèces de bactéries favorisant la digestion, jouant sur la régulation du système immunitaire et protégeant des organismes pathogènes). « Je cherche à comprendre les relations des organismes en symbiose - qu'est-ce que l'un a cédé à l'autre - et comment ces relations ont co-évolué. Pour cela, j'étudie les réseaux génétiques et métaboliques des deux organismes et je compare les génomes de nombreux organismes présentant de grandes variétés de relations symbiotiques ».

Très fondamental, direz-vous ? Certes, mais qui sait si la santé de demain ne dépendra pas de la connaissance des organismes qui partagent notre intimité ? Et même, si l'étude poussée de la symbiose ne conduira pas à revisiter notre idée de ce qu'est une espèce ou un individu ?

« L'ERC est une candidature personnelle. J'ai pris beaucoup de plaisir à préparer le projet SISYPHE car l'aide efficace des personnels administratifs permet au chercheur de se concentrer sur la partie scientifique. Je reste à Lyon car c'est le meilleur endroit en France pour la recherche bio-informatique sur la symbiose. Les fonds de l'ERC me permettront de recruter des doctorants et des post-doctorants en mathématiques et informatique ainsi qu'en biologie. Je vais pouvoir également faire venir des visiteurs et être en contact régulier avec les équipes de biologistes de réputation mondiale sur la symbiose, notamment en Amérique du Sud et en Europe.»

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Bourses ERC
Les lauréats INRIA 2009
Au sein du 7e programme cadre de recherche européen, le conseil européen de la recherche - en anglais European Research Council (ERC) - encourage les pistes de recherche novatrices, au sein du programme « Idées ». À l'INRIA, Marie-France Sagot dans la catégorie "Chercheurs confirmés" ainsi que Francis Bach et Pierre-Yves Oudeyer dans la catégorie "Jeunes chercheurs" ont reçu une bourse conséquente pour mener leur projet.