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Projet SHERPA

Valorisation et diffusion des résultats

Actions industrielles

SToRIA (SGS-Thomson, 1996-)

Dans le contexte du volet 3 du projet SToRIA (action "autoroutes de l'information" soutenu financièrement par le SERICS) en collaboration avec SGS-Thomson, l'objectif est de montrer l'intérêt et la faisabilité d'un système coopératif pour la construction et la consultation de mémoires techniques. Ce système doit mettre en oeuvre des techniques et outils de représentation et d'exploitation de connaissances dans un contexte réparti (Intranet), où des serveurs de connaissances sont accessibles pour la consultation et la mise à jour à travers des navigateurs Web.

Les travaux visent donc, d'une part à réaliser un environnement de construction incrémentale et coopérative, d'autre part à expérimenter et améliorer au contact d'utilisateurs non spécialistes les outils et les méthodes réalisés pour la construction d'une mémoire technique, limitée mais démonstrative.
Le premier aspect s'appuie sur des modules logiciels, ainsi que sur les résultats de recherche obtenus par le projet Sherpa. Il nécessite des développements prolongeant les modules actuels (interface de conception de base de connaissances, lexique), ainsi que des travaux de recherche originaux sur la révision et les protocoles de coopération.
Le second aspect concerne les expérimentations et nécessite de modéliser une partie du domaine d'activité de SGS-Thomson (il s'agit en l'occurrence de l'infrastructure informatique) afin de constituer l'ossature d'une mémoire technique. Sur cette ossature, on peut alors développer des maquettes démonstratives d'applications tirant parti de cette mémoire accessible au travers de l'Intranet. Deux maquettes ont été développées; elles concernent la simulation de défaillances et l'accès aux procédures de reprise sur panne.

Le travail de cette première phase a permis, d'une part d'améliorer les outils et leur utilisation par un usager (les bases de connaissances sont maintenant éditables sur l'intranet de SGS-Thomson, elles sont reliées à un lexique...), d'autre part d'entrevoir ce que peut être l'exploitation d'une telle mémoire au travers de deux applications dédiées à la simulation de pannes (qui détermine les éléments accessibles sur le réseau lorsque certains éléments sont en panne) et à l'aide à la reprise sur erreur (dans lequel les objets de la base de connaissances servent à indexer un ensemble de plans de reprise définis par le support informatique). C'est une première expérience de modélisation propre à SGS-Thomson qui sera utile dans le cadre de l'exploitation informatique du site de Crolles.

Dolphin Integration (1995-1998)

Dans le cadre d'une convention Cifre avec la société Dolphin intégration, Karine Duprez termine ses travaux de thèse sur la conception d'un système d'aide et son intégration dans un progiciel de conception de circuits. Le système d'aide considère que l'utilisateur est compétent dans son domaine de conception, mais pas obligatoirement pour l'usage du progiciel, en particulier pour la mise en oeuvre d'algorithmes spécialisés. L'intégration du système d'aide est compliquée par le fait que ses interventions ne doivent pas perturber l'ergonomie générale du progiciel.

PSA Peugeot Citroën (1997-)

Une thèse dans le cadre d'une convention Cifre avec la société PSA Peugeot-Citroën a débuté en novembre 1997. La problématique est celle de la mémoire d'entreprise et de la prise en compte des retours d'expérience.

Xerox (1997-)

Le projet Sherpa collabore avec le centre européen de recherche Xerox situé à Meylan à quelques kilomètres du site de Montbonnot. Une thèse financé par une convention Cifre a débuté en décembre. Les travaux portent sur l'extraction d'informations à partir de textes : le problème est de remplir une structure de données, qui joue le rôle d'un formulaire, en interprétant le contenu de textes rédigés en langage naturel. Ce formulaire peut être implémenté comme une classe d'un modèle de connaissances à objets : remplir un formulaire revient alors à créer et compléter une instance de cette classe à partir des informations extraites du texte.
Un exemple d'application immédiate de ces techniques consiste à compléter la base de connaissances Knife sur les interactions géniques par analyse de résumés d'articles de biologie moléculaire.

ESTEEM

Le projet Sherpa est impliqué, sous la direction de Danielle Ziébelin, dans le projet européen AIM no2010 "ESTEEM" (European Standardised Telematic tool to Evaluate EMG knowledge-based systems and Methods). L'objectif de ce projet est le développement, puis la mise à disposition des centres d'examens cliniques électromyographiques (EMG), d'une plate-forme commune regroupant un ensemble de systèmes d'aide au diagnostic en électromyographie portant sur l'identification des pathologies neuro-musculaires. Ce projet est mené en étroite collaboration avec le service du Dr. Annik Vila au CHRU de Grenoble. Dans un premier temps, les partenaires impliqués dans le projet Esteem furent: Une plate-forme est maintenant opérationnelle sur l'ensemble des sites d'expérimentation (principalement en CHU). Le niveau de compétence des systèmes à base de connaissances, dont le système MYOSYS développé au sein du projet Sherpa, demeure encore insuffisant pour en permettre une utilisation courante.
Un consortium réduit (amputé de deux industriels CRI et CIPRA), mais grossi du CHU de Lille, continue donc le projet afin de compléter les bases de connaissances à partir d'une base de cas réels proposés par les partenaires hospitalo-universitaires. Chaque cas fait tout d'abord l'objet d'une discussion entre experts. Une fois standardisé, le cas est proposé à l'ensemble des systèmes de diagnostic et ceux-ci complètent éventuellement leur base. Une base de 700 cas standardisés a ainsi été constituée. Cette activité s'est poursuivie jusqu'à l'acceptation du réseau européen EMG-net.

GREG (1994-1995)

Le GIP GREG (Groupement de Recherches et d'Études sur les Génomes) a soutenu un projet de développement d'un système coopératif d'aide à l'analyse de séquences génomiques. Ce projet a rassemblé, sur 2 ans (1994 et 95): l' INRIA Rhône-Alpes à travers le projet Sherpa ainsi que François Rechenmann en était le responsable scientifique. Dans ce cadre, le projet Sherpa a travaillé en étroite collaboration avec la société Ilog pour la spécification et le développement d'un système générique de modélisation de tâches (PowerTask) et d'objets multi-points de vue pour assister des biologistes dans l'analyse de séquences génomiques.
Cet environnement constitue ainsi une valorisation concrète des travaux de recherche menés au sein du projet Sherpa depuis une demi-douzaine d'années autour de la modélisation des connaissances méthodologiques à l'aide de tâches et la résolution coopérative de problèmes.

La collaboration a été très largement facilitée par la bourse post-doctorale "industrielle" dont a bénéficié Jutta Willamowski durant l'année 1995.

Scarp

Le logiciel Scarp est le fruit d'une collaboration avec Cap Gemini Innovation soutenue par le ministère de la recherche et de la technologie en 1991-1992.

Actions internationales

Réseau EMG-net

Le projet européen AIM ESTEEM a permis une avancée substantielle dans l'amélioration de la qualité et de l'efficacité de la pratique médicale dans le domaine de l'électromyographie. Pour cela, le consortium a conçu et distribué aux partenaires du projet une plate-forme composée d'outils d'aide au diagnostic (base de données EMG, interfaces avec un équipement de traitement du signal, module de télécommunication multi plate-formes, systèmes à base de connaissances). Une standardisation européenne des dossiers médicaux a été établie en réalisant un consensus sur la terminologie et les concepts utilisés, ainsi que sur les informations échangées entre les différents services hospitaliers. Ce standard a permis la création d'une base de cas multilocalisée contenant des connaissances cliniques, électromyographiques et thérapeutiques.

Plus de deux ans après la fin officielle du projet ESTEEM, le consortium continue à travailler sur la standardisation des pratiques électromyographiques. Dans ce cadre, un nouveau projet européen nommé EMG-net a été soumis et implique un consortium de quinze partenaires de onze nationalités différentes. Ce projet de type INCO-COPERNICUS est un réseau de recherche s'ouvrant largement sur les pays d'Europe Centrale et Orientale. Huit partenaires PECO rejoignent ainsi les sept partenaires de l'ancien consortium ESTEEM.

L'objectif principal de ce réseau de recherche EMG-net est de permettre la dissémination des compétences au travers du réseau en proposant la mise à disposition des techniques et connaissances acquises au sein de l'ex-consortium ESTEEM à l'ensemble du consortium, tout en continuant l'effort de standardisation et la capitalisation de connaissances déjà largement entamé. Pour cela, le projet Sherpa s'engage à mettre à disposition de ces partenaires sur une échelle européenne les deux modules Myosys et Fusin.

PECO

La base de connaissances du système d'aide au diagnostic électromyographique Myosys s'est constituée de manière empirique et sans prendre en compte une analyse discriminante des différentes situations basée sur un raisonnement par cas. La base comporte donc des connaissances redondantes, incomplètes et insuffisamment structurées. Ceci entraîne des modifications fréquentes et peu productives. Le programme de collaboration franco-bulgare a pour objectif de doter Myosys d'une fonctionnalité de validation et de structuration automatique basée sur un ensemble de cas. L'institut de recherche IIT de l'académie des sciences de Sofia propose des techniques et des modules de validation et de correction automatique de base de connaissances à partir d'un ensemble de cas discriminants. L'utilisation de telles techniques pour valider notre système devrait nous permettre d'obtenir un système d'aide au diagnostic complet et de qualité.

Coopération scientifique et technique lusitano-française 

Le projet Sherpa, le laboratoire d'EMG du CHU Albert Michallon à Grenoble et le laboratoire d'EMG Egas Moniz de Lisbonne ont participé, dans le cadre du projet européen AIM ESTEEM et de sa continuation, à l'élaboration d'une base consensuelle de cas médicaux. Cette base regroupe en particulier des connaissances des deux sites. Une première maquette d'un "serveur de cas" basé sur le serveur générique Fusin a été partiellement élaboré. Il s'agit maintenant de mettre en place un serveur de connaissances bilocalisées (Grenoble, Lisbonne) qui permette d'établir des similarités entre les techniques électromyographiques des deux laboratoires sus-mentionnés. Ces mesures ont pour but de quantifier la ressemblance qui existe entre les différents objets représentant des cas médicaux. Des mesures de similarité seront définies pour structurer des bases de cas de manière automatique (apprentissage par classification), ainsi que pour interroger des bases existantes (ressemblance entre une requête et une réponse potentielle). En outre, le système développé interagira avec les utilisateurs au travers d'interfaces capables d'expliquer en termes clairs à l'utilisateur les résultats obtenus par le système. Ces comparaisons et recherches d'information permettront d'affiner et de compléter la base de connaissances consensuelle produite par le projet ESTEEM.

Actions nationales

ACC Science de la vie

Une collaboration avec l'équipe de Bernard Jacq du LGPD à Marseille concernant la modélisation de la régulation génétique chez Drosophila melanogaster (la mouche à vinaigre) est financée par le ministère de l'Éducation Nationale, de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Elle a donné lieu à la base de connaissance Knife.

PRC-GDR IA

Le projet Sherpa participe au PRC GDR IA. François Rechenmann y a animé jusqu'en juin 95 le groupe de travail "Classification et objets" auquel le projet participe; Gilles Bisson est co-organisateur, avec Jacques Nicolas (IRISA), du groupe "Classification et discrimination sur les séquences", créé en 1995; Jérôme Euzenat a participé au groupe "Kaneou: représentation temporelle et spatiale", (1995-1997);

PRC "Informatique et génomes"

Le projet était membre du GDR 1029 "Informatique et génomes" du CNRS dont l'objectif était de permettre la confrontation de méthodes informatiques à des problèmes d'analyse de séquences génomiques et le traitement distribué de problèmes soumis par les experts biologistes du groupement. François Rechenmann en était le directeur adjoint et y animait, avec Christian Gautier (laboratoire de biométrie, génétique et biologie des populations, Lyon) un groupe de travail sur "Modélisation des connaissances en biologie moléculaire" auquel le projet Sherpa a participé. Un colloque faisant un bilan des activités de ce GDR a été organisé à Paris, campus Michel-Ange, les 19 et 20 juin 1995;

Bulletin de l'AFIA

François Rechenmann a été responsable d'un dossier du bulletin de l'Afia sur "Intelligence artificielle et biologie moléculaire". Ce dossier est paru dans le numéro de juillet 1996. Jérôme Euzenat a coordonné avec Christian Bessière le dossier "raisonnement temporel et spatial" du bulletin de l'AFIA numéro 29 (avril 1997).

Conseils scientifques

François Rechenmann est membre du conseil scientifique du GIS Infobiogen et du conseil scientifique du Centre Scientifique et Technique du Bâtiment (CSTB).

Diffusion des résultats

Enseignement universitaire - 3e cycle(1996-97)

Organisation de colloques et de cours

https://www.inrialpes.fr/sherpa/diff-fra.html
Last update 15-DEC-2021